Spartan-3A的特点是IO资源丰富，增强的IO性能；1.2V的内核电压，3.3V的端口电压；电源管理；从用一个PROM可对FPGA进行不同的配置（MultiBoot）；每个芯片内部有独一无二的57位DNA，等等。

传统的FPGA内部逻辑资源和IO是成直线上升的，下图是研讨会PPT的截图，正说明这样的关系。

Spartan-3A、Spartan-3E、Spartan-3的关系如下图

Spartan-3是传统的FPGA，如果需要很多的IO但不需要用很多的逻辑单元时，使用Spartan-3就是一种浪费，这时可以选用IO丰富的Spartan-3A。同样如果在应用时不需要太多的引脚时可以选用Spartan-3E。
支持热插拔。QuiteIO 输出驱动。增强了对差分IO的支持，可以是PCB设计更简单。
MultiBoot可以实现使用一个PROM对一块FPGA进行不同的配置，且Spartan-3A内部提供了watch dog，在系统上电后如配置失败可再次重新配置。
电源管理有两种模式休眠模式和冬眠模式。休眠模式静态功耗降40%，快速唤醒时间小于100us。冬眠模式降低99%以上的静态功耗，唤醒时间大约100ms。
DNA可以实现对FPGA内部程序加密的作用，比如将一个FPGA内部bit文件readback后又要写到另一个FPGA内时，会出现以下的情况，当 bit文件下载到另一个FPGA内时，内部的算法将该FPGA的DNA作为输入进行计算，结果与使用原FPGA的DNA计算出来的值进行比较，若相同器件 正常运行。若不相同FPGA内的应用将决定如何处理，有4种处理：只可以使用部分逻辑，只可以使用规定时间，任何功能都不可以使用（不推荐），将PROM 中的配置文件擦除。