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PCIe总线自V2.0加入了功能层复位（Function Level Reset，FLR）的功能。该功能主要针对的是支持多个功能的PCIe设备（Multi-Fun PCIe Device），可以实现只对特定的Function复位，而其他的Function不受影响。当然，该功能是可选的，并非强制的，软件可以通过查询配置空间中的设备功能寄存器（Device Capability Register）来查询该PCIe设备是否支持FLR。如下图所示：

并可以通过设备控制寄存器（Device Control Register）中的将Initiate Function Level Reset bit置1，来产生FLR。

FLR只复位对应Function的内部状态和寄存器（使其暂时不变化，Making it quiescent），但是并不影响Sticky bits、有硬件初始化的值（Hardware-initialized bits）和链路专用寄存器（比如Captured Power，ASPM Control、Max Payload Size以及VC等寄存器）。如果该设备在FLR前，发出了Assert INTx中断消息，必须在开始FLR之前在发出对应的Deassert INTx消息，除非该INTx已经被与其他Function共享了。当收到FLR后，该Function的所有的其他功能都应被立即停止（Required to cease）。

此外，PCIe Spec还明确给出了FLR的完成时间应在100ms以内。

PCIe Spec还明确规定了，当某个Function处于FLR状态时的一些特性：

·         该Function不能有任何与外界通信的（外部）接口；

·         该Function必须将任何软件可读取的状态（可能包括加密信息等）打乱。换句话说，任何内部存储都必须被清零或者随机化；

·         该Function必须可以被另一个Diver配置为一般模式；

·         该Function必须为其收到的包含有FLR信息的配置写（Configuration Write）返回一个Completion，然后再进行FLR操作。

在进入FLR状态后，还需要：

·         该Function接收到的任何请求都应该被直接丢弃，且不登记（Logging），也不报错误。但是FC Credits必须要被更新，以维持链路的正常操作；

·         该Function接收到的任何Completion都应该被当做Unexpected Completions，然后直接丢弃，且不登记，也不报错。